VISI :

Mewujudkan generasi berkualitas yang teguh dalam IMTAQ, Berakhlakul Karimah dan menguasai IPTEK serta peduli terhadap Lingkungan.

MISI :

Berdasarkan visi diatas, MTsN 13 Jombang menjabarkan dalam bentuk misi sebagai bentuk :

1. Terwujudnya peserta didik yang taat dan istiqomah dalam beribadah
2. Terwujudnya peserta didik yang berakhlaq mulia, berperilaku santun dan berkepedulian
3. Terwujudnya peserta didik yang cerdas, berpotensi dan berprestasi akademik maupun non akademik serta berbudaya lingkungan
4. Terciptanya kepedulian peserta didik terhadap lingkungan hidup dengan cara melestarikannya
5. Mencegah terjadinya pencemaran dan kerusakan lingkungan hidup